Lyseon lukuvuosi on jaettu viiteen jaksoon; jokainen jakso kestää noin seitsemän viikkoa. Jokaista jaksoa varten opiskelija valitsee kurssitarjonnasta ne kurssit, joita hän opiskelee.

Kun opiskelija on päättänyt, mitä kursseja hän haluaa suorittaa, hän ilmoittautuu niille Lyseon kotisivuilla olevassa WILMA-palvelussa. Ilmoittautumisen voi tehdä millä tahansa Internet-yhteydellä varustetulla tietokoneella. Jokainen opiskelija saa Lyseoon tullessaan oman käyttäjätunnuksen ja salasanan.

Jokainen jakso päättyy arviointiviikkoon, jonka aikataulu poikkeaa normaalista: kunkin päivän aikana keskitytään yhteen oppiaineeseen. Lisää päivittäisistä rutiineista voit vilkaista opinto-oppaasta.